CENTRO DE INVESTIGACIÓN
El laboratorio de Bioquímica y Biología Molecular de la Facultad de Ciencias de la Universidad de Chile cuenta con una trayectoria de más de 50 años, siendo uno de los primeros laboratorios de bioquímica en fundarse en el país. Desde sus inicios ha desarrollado investigación ligada a la biofísica de proteínas y la enzimología, encontrándose en la vanguardia de dichas áreas dentro de Chile. Gran parte de la investigación posee como trasfondo la evolución molecular de familias de proteínas, lo que exige un enfoque multidisciplinar donde la biología estructural juega un rol fundamental.
En este contexto, utilizamos tanto la cristalografía de rayos X, dispersión de rayos X a bajo ángulo (SAXS) y recientemente estamos trabajando con criomicroscopía electrónica.
LÍNEAS DE INVESTIGACIÓN
Una parte importante de nuestra investigación se centra en el estudio de la evolución de proteínas y enzimas en rasgos tales como la promiscuidad enzimática, la especificidad por sustrato, la regulación alostérica, los mecanismos catalíticos y la adaptación a diversos ambientes extremos (psicrófilos, termófilos, halófilos). Utilizamos la metodología de reconstrucción de enzimas ancestrales para trazar las rutas evolutivas de estas y los aspectos estructurales asociados a ellas.
Además de la cristalografía de rayos X, SAXS y cryoEM, utilizamos enfoques como la cinética enzimática en estado estacionario, cinética rápida (pre-estado estacionario), fluorescencia, dicroísmo circular, estudios termodinámicos de interacciones moleculares, estabilidad de proteínas, bioinformática, simulaciones computacionales de dinámica molecular y recientemente fluorescencia multiparamétrica de molécula individual.
EQUIPAMIENTO
- Unidad de cristalización de proteína: robot de cristalización (Drop Setter - ARI Crystal Gryphon, Art Robbins), sistema de transporte de cristales y puck para difracción remota en sincrotron (Dry shipper – Universal puck).
- Unidad de espectrofotometría: dos equipos con detector por arreglo de fotodiodos (Agilent 8453 y 8454 UV-Vis acoplados a sistema de cinética 8 multicell), UV/Vis Jasco V-630 con peltier para ensayos de estabilidad y temperatura). Espectrofluorímetros JASCO FP-8300 con peltier/polarimetros y FP-8350 acoplado a lector de placas 96 pocillos. Lector de placas UV/Vis Biotek-Synergy2.
- Unidad de cromatografía y purificación de proteínas: 2 AKTA prime y 1 AKTA start (Cytiva), HPLC Jasco LC-4000 con autosampler y detectores de UV/vis, IR y fluorescencia. Shakers y centrífugas para expresión y purificación de proteínas recombinantes.
- Sistema Stopped-Flow (dos jeringas) RX2000 (Applied Photophysics) acoplable a UV/Vis y fluorescencia.
- 3 PC con GPU RTX2080Ti para producción y análisis de simulación molecular con AMBER.
- Servidor AMD 5975WX, 256 GB RAM, 4TB SSD - 32 TB HDD y GPU RTX 4090 para simulación molecular y procesamiento de datos de cryoEM.
- Fluorescencia multiparamétrica de molécula individual: Microscopio confocal (Zeiss LSM 710) acoplado con láseres pulsados, SPAD (single-photon avalanche diode) y detectores de PicoQuant. Permite mediciones de tiempos de vida media de fluorescencia a nivel de molécula individual y experimentos de smFRET (single-molecule Förster Resonance Energy Transfer), smFA (single-molecule Fluorescence Anisotropy) y smFCS (single-molecule Fluorescence Correlation Spectroscopy), entre otros.
- Sistema SAXS/WAXS/GISAXS, Anton Paar, SAXSpoint 2.0.
- Espectropolarimetro de dicroismo circular con Stopped-Flow Jasco J-1500.
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- BioSAXS-SAXS-point2.0-2
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- BioSAXS-SAXS-point2.0-4
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- Crystallography robot
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- Multiparametric single-molecule fluorescence-1
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- Multiparametric single-molecule fluorescence-7
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- UV-Vis-Diodos-Cary8454-2
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- Spectrofluorometer
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- AktaStart
- Las palmeras 3425, Ñuñoa, Santiago - Chile
- +56229787231
- lab.bioquimica.ciencias.uchile@gmail.comDr. Victor Castro Fernandez: vcasfe@uchile.cl Dra.Victoria Guixé: vguixe@uchile.cl
- https://sites.google.com/view/labbq/
